Sıralama turlarında da, son kış testlerinde olduğu gibi Ducati üstünlüğü vardı. Pole pozisyonunu Ducati'nin İtalyan pilotu Loris Capirossi elde etti. Onun hemen ardından ikinci sırayı ise onun takım arkadaşı Sete Gibernau elde etti. Sete'nin performansı yarın Jerez'de, yani kendi evinde, geçen sezon son turda Rossi ile yaşadığı dramatik olayın intikamını almaya yetecek gibi gözüküyordu. Üçüncü sırayı ise yine başka bir Bridgestone kullanıcısı olan Kawasaki pilotu Shinya Nakano elde etti. Böylece sıralamaların ilk üç sırasını elde ederek Bridgestone, patronu Harald Eckl'ye iyi bir doğum günü armağını vermiş oldu.
Günün en önemli olayı ise Alex Holfmann'ın motorundan çıkan problem yüzünden yola benzin dökülmesi ve bu benzin nedeniyle ilk kurban Valentino Rossi olmak üzere, Randy de Puniet, Nakano, Kenny Roberts ve Tony Elias'ın kayarak yarış dışı kalmasıydı. Toplam 6 yarışçının yarış dışı kalması sebebiyle kırmızı bayrak gösterildi ve pist temizlenene kadar sıralama turu durduruldu.
Honda'ların sırası ise Dani Pedrosa, Nicky Hayden, Toni Elias ve Marco Melandri'ydi. Genç yetenek Pedrosa performansıyla pistte göz doldurdu.
Yamaha ise sıralama turlarında çok kötü bir performans sergiledi. Nedeni ise Yamaha'nın vibrasyon probleminin hala çözülememiş olmasıydı. Bu konu ile ilgili Valentino Rossi "Vibrasyon problemimiz hala devam ediyor. Her turda daha da yavaşladık. Motorun lastiklerle uyumu çok kötü. Üstelik şanssız da bir kaza geçirdim. Ama size bunların hiç birini neden olarak göstermemeliyim. 2001'den beri bütün açılış yarışlarını birinci olarak bitirdim. Ve bunu da, benim için ne kadar zor olsa bile, birinci olarak bitirmeyi hedefliyorum" dedi.
ve işte günün sonucu:
Round: 1 - 2006 MotoGP Jerez
Circuit: Jerez
Circuit Length: 4423
Lap Record: 1' 40.596 (Valentino Rossi, 2005)
Fastest Lap Ever: 1' 39.064 (Loris Capirossi, 2006)
Date: 25 March 2006
Temp: 20ºC
Session 1 :
Pos. Rider Manufacturer Nat. 1st Qualifying
1 L. Capirossi Ducati ITA 1' 39.064
2 S. Gibernau Ducati ESP 1' 39.285
3 S. Nakano Kawasaki JPN 1' 39.526
4 N. Hayden Honda USA 1' 39.666
5 D. Pedrosa Honda ESP 1' 39.734
6 T. Elias Honda ESP 1' 39.875
7 M. Melandri Honda ITA 1' 39.932
8 R. De Puniet Kawasaki FRA 1' 40.146
9 V. Rossi Yamaha ITA 1' 40.160
10 C. Edwards Yamaha USA 1' 40.181
11 C. Vermeulen Suzuki AUS 1' 40.215
12 J. Hopkins Suzuki USA 1' 40.340
13 K. Roberts Team Roberts KR USA 1' 40.497
14 C. Checa Yamaha ESP 1' 40.851
15 C. Stoner Honda AUS 1' 40.982
16 M. Tamada Honda JPN 1' 41.119
18 J. Ellison Yamaha GBR 1' 42.267
